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El Consorcio proyecto país presentó el primer análisis evolutivo de la variante Ómicron en Argentina

El Consorcio de proyecto país a cargo de la vigilancia activa de variantes de SARS-CoV-2 presentó el Primer análisis evolutivo de la variante Ómicron de Argentina

EQUIPO DE TRABAJO DE TDF DEL CONSORCIO NACIONAL DE SECUENCIACIÓN DEL SARS-CoV-2 – EQUIPO DE SECUENCIACIÓN
GENTILEZA Dr Fernando Gallego HOSPITA REGIONAL DE USHUAIA

Ushuaia 5 de Enero de 2022

El CONSORCIO NACIONAL DE VIGILANCIA en exclusiva para ecovida ambiente presentó los resultados del Primer análisis evolutivo de la variante Ómicron de Argentina (trabajo que se desarrolla en conjunto con el Laboratorio Nacional de Referencia de Enfermedades Respiratorias Virales y el Centro Nacional de Genómica del ANLIS Malbrán). Este trabajo es en conjunto con el CADIC CONICET el HOSPITAL REGIONAL DE USHUAIA Y LA UNTDF

Proyecto País es el Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2 Desarrollado por el Consorcio Argentino de Genómica de SARS-CoV-2. Financiado, a través del subsidio FONARSEC IP COVID-19 N° 247, por la Agencia Nacional de Promoción, Investigación, Desarrollo Tecnológico y la Innovación del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación, Argentina.

Este consorcio nacional lleva adelante el monitoreo y vigilancia de las distintas variantes del virus SARS-COV-2, su objetivo general es analizar la trayectoria evolutiva de los virus del SARS-CoV-2 que circulan en Argentina y asi poder estudiar su origen y dispersión en el país respecto de las cepas mundiales, como así también analizar las mutaciones que pudieran afectar el diagnóstico, la transmisión y la virulencia del virus.

CONSORCIO PROYECTO PAIS

Para poder lograr este trabajo realizaron distintas muestras en todo el país, los resultados obtenidos son de aproximadamente 1000 genomas de SARS-CoV-2. Las muestras obtenidas serán secuenciadas por NGS para obtener sus secuencias genómicas, y así caracterizarlas y analizarlas desde varios enfoques.

El estudio de las variantes circulantes del virus SARS-CoV-2 se analizaron durante el período comprendido entre el 1 de Octubre del 2021 al 31 de Diciembre de 2021.

Se analizaron un total de 1534 muestras, de las cuales 1082 fueron seleccionadas al azar y corresponden a individuos sin antecedente de viaje al exterior o contacto estrecho con viajeros: 431 correspondieron a casos de la CABA, Gran Buenos Aires y alrededores y Gran La Plata, 123 a la provincia de Buenos Aires (no AMBA), 41 a la provincia de Chaco, 92 a la provincia de Tierra del Fuego, 127 a la provincia de Neuquén y 268 a la provincia de Santa Fe. Las 452 muestras restantes correspondieron a casos especiales (nexo con viajero y confirmación de casos detectados por la técnica de RT-qPCR específica para variantes o estudios especiales). En 745 casos se realizó la secuenciación completa del genoma del SARS-CoV-2. En total, se identificó la variante Alpha en 17 casos, Gamma en 64 casos, Lambda en 107 casos y Delta en 1140 casos. Por último, la variante Omicron se detectó en 203 casos, la mayoría de estos corresponden a infecciones adquiridas en la comunidad.

A la fecha, sobre un total de 6790 muestras analizadas a través de la vigilancia activa por secuenciación de Spike o de genoma completo, las variantes más frecuentemente detectadas en nuestro país fueron:

  • Gamma en 2379 casos
  • Delta en 1392 casos
  • Lambda en 1200 casos
  • Alpha en 344 casos
  • Mu en 9 casos
  • Ómicron en 203 casos

En este reporte, se detectó la variante Ómicron en casos de infecciones adquiridas en la comunidad y seleccionadas al azar, en CABA (7,7%) y en la provincia de Santa Fe (12,1%), alcanzando el 50% de los casos secuenciados en la SE 51 en ambas jurisdicciones. En la provincia de Tierra del Fuego en la SE51 se detectó en el 61,9%, alcanzando el 87,3% en la última SE del 2021.

Asimismo, en el periodo analizado en este reporte, la variante Delta ha sido la única variante detectada en circulación comunitaria en la región GBA (hasta las SE 49-50) y en las provincias de Neuquén (hasta las SE 47-48) y Chaco (hasta la SE 51). En estas últimas jurisdicciones hasta las SE analizadas, la variante Ómicron fue detectada en casos esporádicos, muchos de los cuales tienen antecedente de viaje al exterior o a alguna provincia argentina con circulación comunitaria de esta variante.

El análisis evolutivo de la variante Ómicron mostró que todas las secuencias de Argentina correspondieron al linaje derivado BA.1, que es el más extendido a nivel mundial. A su vez, se observaron múltiples introducciones al país, aunque aún con limitados eventos de diversificación.

EL análisis evolutivo de la variante Delta mostró que los linajes derivados AY.20, AY.25, AY.75, AY.100 y AY.103 constituyeron el 85% de los linajes detectados en nuestro país en el periodo desde el 4 de julio a 8 de noviembre del 2021. Estos linajes derivados se encuentran asociados principalmente con muestras de los Estados Unidos, México, Brasil y Perú, entre otros.

Los resultados aquí presentados están en consonancia con la situación epidemiológica observada en varios países del mundo, caracterizada hasta el momento por un incremento abrupto de la frecuencia de detección de la variante Ómicron, en simultáneo con el reporte de un número muy elevado de casos de detección de SARS-CoV-2 asociados a nuevas olas de infecciones a nivel mundial.

PARA MAYOR INFORMACIÓN: http://pais.qb.fcen.uba.ar/project.php

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